棉花从出苗到现蕾的一段时间为苗期[苗期，是指谷类作物从出苗到拔节的时期。]，一般经历40-45天。此期由于气温仍较低，幼苗[【词目】幼苗【读音】yòu miáo【释义】种子发芽后生长初期的幼小植物体。]嫩小，抗病力弱，极易受病虫危害[危险灾害。]，特别是、立枯病[立枯病又称“死苗”，主要由立枯丝核菌(学名Rhizoctonia solani Kuhn, 英文名Sheath Blight )，属半知菌亚门真菌侵染引起。]、炭疽病[炭疽是由炭疽杆菌所致，一种人畜共患的急性传染病。]、红腐病和蚜虫[蚜虫，又称腻虫、蜜虫，是一类植食性昆虫，包括蚜总科（又称蚜虫总科，学名：Aphidoidea）下的所有成员。]等危害尤其严重，常造成缺苗断垄，或使棉花生长受阻，影响壮苗早发。
主要病害及其症状
1、炭疽病：苗期、成株期均可以染病[染病，汉语词汇。]。苗期染病：发芽后出苗前受害可造成烂种；出苗后茎基部发生红褐色纵裂条斑，扩展缢缩造成幼苗死亡。潮湿时病斑上产生橘红色粘状物（病菌分生孢子）。子叶[子叶（cotyledon）为暂时性的叶性器官，它们的数目在被子植物中相当稳定，成熟胚只有一片子叶的称为单子叶植物（monocotyledon），如小麦、百合等；有两片子叶的称为双子叶植物（dicotyledon），如油菜、大豆等。]边缘出现圆或半圆形黄褐斑，后干燥脱落使子叶边缘残缺不全。
炭疽病危害症状
2、红腐病：我国各棉区均有发生，苗期、铃期均可染病。苗期染病在幼芽出土前受害，芽变为红褐色腐烂。出土后受害棉苗根部的根尖、侧根变黄，后变黑褐色腐烂。幼茎染病导管变为暗褐色，近地面的幼茎基部出现黄色条斑，后变褐腐烂，幼根、幼茎肿胀，子叶，真叶边缘产生灰红色不规则斑，湿度大时其上面产生粉红色霉层。
红腐病危害症状
3、立枯病：幼苗出土前造成烂子和烂芽。幼苗出土以后，则在幼茎基部靠近地面处发生褐色凹陷的病斑；继则向四周发展，颜色逐渐变成黑褐色；直到病斑扩大缢缩，切断了水分、养分供应，造成子叶垂萎，最终幼苗枯倒。
立枯病危害症状
4、蚜虫： 蚜虫是棉花苗期的主要害虫之一，蚜虫以刺吸口器刺入棉叶背面或嫩头，吸食汁液，受蚜虫侵害的棉花幼苗，叶片枯黄脱落，表面有蚜虫排泄的蜜露，还容易诱发霉菌滋生。蚜虫最适合的温度为 25℃，最适合的湿度为 55%～85%，多雨气候不利于蚜虫发生，大雨对蚜虫有明显的抑制作用，而时晴时雨、阴天、细雨对其发生有利。
蚜虫危害症状
二、综合防治措施
棉花苗期由于病虫害[病虫害病害和虫害的并称，常对农、林、牧业等造成不良影响。]种类较多，单一防治一种病虫害，不但费工费时，而且成本较高，效果也不理想，因此，必须要以预防为主，才能达到事半功倍的效果。可在播种前用60%吡虫啉悬浮种衣剂[种衣剂有液体的，也有固体粉末状的；有的是预制成型长久存放，也有的现制现用。]+3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂按药种比1：300拌种，晾干后播种，可以有效防治棉花苗期的立枯病、炭疽病、红腐病和蚜虫等多种病虫害，有效期可达60天左右，整个苗期不用再喷洒任何药剂。