没有经过充分发酵的菜籽饼肥不能直接使用，否则的话可能会烧死作物的根系，从而出现烧根以及肥害的情况，因此建议科学施肥。
菜籽饼肥属于热性肥料，菜籽饼直接使用在土里会进行二次发酵，产生的高温就会损伤烧死植物根系。所以，建议发酵后食用。快速发酵可以利用发酵剂[发酵剂（starter culture）是指用于酸奶、酸牛乳酒、奶油、干酪、纳豆和其他发酵产品生产的细菌以及其他微生物的培养物。]，发酵剂是益生菌[益生菌是一类对宿主有益的活性微生物，是定植于人体肠道、生殖系统内，口腔，能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥有益作用的活性有益微生物的总称。]制剂，能让菜籽饼在短期内透彻腐熟发酵，提高菜籽饼肥效的吸收利用率[ 此条目暂无内容，欢迎您参与编辑，享受分享知识的乐趣。]。
菜籽饼发酵后有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]，蛋白质，氨基酸[氨基酸是羧酸碳**上的氢**被氨基取代后的化合物，氨基酸分子中含有氨基和羧基两种官能团。]、氮磷钾物质被很好的分解，能被植物更好的吸收，而且在腐熟过程中产生的高温能杀死菜籽饼中虫害等，再加上种植菌液中的大量有益菌[有益菌一般是指在人体肠胃生长的、对人体健康起到正面作用的细菌或真菌。]杀菌抑菌，从而达到抑制将病害的效果，作物少生病，长势好。
菜籽饼发酵有机肥经过发酵剂发酵后，含有大量的益生菌群，他们迅速繁殖可以改善土壤结构[是指土壤颗粒（包括团聚体）的排列与组合形式。]，达到土壤微生物平衡，疏松土壤，保水保肥，使作物更好的吸收养分。