目前就保护地西红柿栽培情况来看，常见病害主要有猝倒病、茎基腐病、枯萎病、黄萎病、青枯病、细菌性髓部坏死、细菌性溃疡、细菌性疮痂病、灰叶斑病[叶斑病是甜瓜重要病害之一，分布较广，各地都有发生，一般在春、秋两季发生较重。]、叶霉病、早疫病、晚疫病[病原中文学名：致病疫霉（Phytophthora infestans） 界：真菌界 门：真菌门(Eumycophyta) 亚门：鞭毛菌亚门(Mastigomycotina) 纲：卵菌纲(Oomycetes) 目：霜霉目(Peronosporales) 科：腐霉科(Pythiaceae) 属：疫霉属(Phytophthora)症状识别属真菌病害，幼苗、成株均可发病，可为害叶、茎、果，但以成株期的叶片和青果受害较重。]、菌核病[菌核病由核盘菌属(Sclerotinia)、链核盘菌属 (Monilinia)、丝核属(Rhizoctonia)和小菌核属(Sclerotium)等真菌引起的植物病害。]、灰霉病[灰霉病是露地、保护地作物常见且比较难防治的一种真菌性病害，属低温高湿型病害，病原菌生长温度为20～30℃，温度20～25℃、湿度持续90%以上时为病害高发期。]、绵疫病、牛眼果腐病、炭疽病、疫霉根腐病[根腐病是一种真菌引起的病，该病会造成根部腐烂，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，最后全株死亡，主要表现为整株叶片发黄、枯萎。]、茄镰孢根腐病、腐霉根腐病、病毒病等。
病原菌分类：
（1）半知菌亚门：茎基腐病、炭疽病、早疫病、枯萎病、黄萎病、灰叶斑病、叶霉病、腐皮镰孢菌根腐病、拟茎点霉根腐病、灰霉病；
（2）鞭毛菌亚门：猝倒病、绵疫病、牛眼果腐病、晚疫病、疫霉根腐病、腐霉根腐病；
（3）子囊菌亚门：菌核病；
（4）细菌：细菌性髓部坏死、细菌性溃疡、细菌性疮痂病、细菌性斑点；
（5）病毒：番茄黄化曲叶病毒病（TY）、褪绿病毒、条斑病毒。
在这里需要说明的是番茄叶霉病，有资料显示其病原菌为半知菌亚门褐孢霉属黄枝孢菌，但是据最新资料显示其病原菌为黄褐钉孢，属真菌界无性型。另外，据研究，煤污假尾孢侵染西红柿植株其表现症状跟叶霉病非常相似，一般很难区分，煤污假尾孢属半知菌亚门。实践表明，防治叶霉病时混加杀细菌药剂效果较好。
方案主药：
A精甲霜灵[精甲霜灵metalaxyl-M，也叫高效甲霜灵，对霜霉病菌，疫霉病菌，腐霉病菌所致的蔬菜，果树，烟草，油料，棉花，粮食等作物病害具有高效。]·锰锌、B中生菌素、C喹啉铜、D恶霉灵、E钝毒360
辅助药剂：
烯酰·霜脲氰、氟硅唑或咪鲜胺、乙烯菌核利或咯菌腈
备用药剂：
氟吡菌酰胺·肟菌酯、吡唑醚菌脂·氟唑菌酰胺、吡唑萘菌胺·嘧菌酯、氟唑菌酰胺·氟环唑
药剂分析：
（1）主药：精甲霜灵·锰锌是由精甲霜灵和代森锰锌混配而成。精甲霜灵能够防治卵菌中的绝大多数病害，其中包括番茄猝倒病、晚疫病、绵疫病、绵腐病、牛眼果腐病等主要病害。而代森锰锌能防治半知菌类的众多病害，其中包括西红柿的早疫病、炭疽病、灰叶斑病、叶霉病，对子囊菌的菌核病，以及灰霉病也有一定的防治效果。精甲霜灵有很好的內吸输导性，且喷药后吸收迅速。但因作用位点单一，温室大棚因为具有封闭性，抗性严重。而代森锰锌正好与其互补，不具有内吸传导性，但是杀菌谱广且不会产生抗性，因此两者复配的药剂对西红柿大多数真菌病害有很好的防治效果。
需要注意的是，日韩等国家对代森锰锌残留控制较为严格，若将此药作为主药需考虑西红柿市场情况。中生菌素与喹啉酮，虽然杀菌谱也比较广，但是对细菌性病害更有针对性，其中中生菌素有内吸传导性，喹啉铜为保护剂，两者交替使用避免产生抗药性[抗药性又称耐药性，是指病原体及肿瘤细胞等对化学治疗药物敏感性降低。]，而且有更广谱的杀菌效果，对细菌性病害发生严重的西红柿来说非常重要。A加B交替A加C喷施对西红柿上发生严重有很好的防治效果。恶霉灵作为预防根部病害的药剂使用。钝毒360对大部分西红柿病毒病有预防效果，对西红柿TY病毒病以及褪绿病毒病有很好的治疗效果。
（2）辅助药剂：烯酰·霜脲氰为烯酰吗啉和霜脲氰的复配制剂，两者均对卵菌病害有针对性，包括晚疫病、菌核病、牛眼果腐病、绵疫病等。其中霜脲氰持效期较短，内吸传导性较差，但是不会产生抗药性。而烯酰吗啉持效期较长，且有一定的内吸性，两者混配制剂可避免因抗药性带来的影响，且预防与治疗效果兼备。
氟硅唑和咪鲜胺混配有增效作用，发病严重时可混合使用，但需要考虑植株长势。乙烯菌核利和咯菌腈对灰霉病以及菌核病有特效，两者可交替使用。
（3）备用药剂：氟吡菌酰胺·肟菌酯、吡唑醚菌脂·氟唑菌酰胺、吡唑萘菌胺·嘧菌酯在上期已经介绍，这里不再赘述。氟唑菌酰胺·氟硅唑是巴斯夫推出吡唑醚菌脂·氟唑菌酰胺后又推出的一种新型杀菌剂，是氟唑菌酰胺与氟环唑1：1混配的杀菌剂，总含量12%。但是其抑制生长的特点导致其在瓜类蔬菜冬季使用容易产生问题，但是作为西红柿来说这一点基本不用担心。
方案实施流程：
1.由于西红柿根腐病以及细菌性髓部坏死、细菌性溃疡病近年发生严重，因此在定植后一定要用通过用药来预防这些病害。可使用恶霉灵加咯菌腈加中生菌素加生根剂灌根（也可将第一次用药放在定植前蘸盘），每隔15天1次，连续三次，可对整茬西红柿各类根腐病以及细菌性病害起到很好的预防效果。近几年西红柿摘心后，萎蔫死棵现象严重，因此在摘心后要用上述药剂进行一次灌根处理。
2.西红柿定植后即应使用A加B交替A加C喷施。开花坐果前侵染性病害发生较少，主要是定植后发生的茎基腐病，通过灌根可有效防治，所以叶面喷施药剂时间间隔可适当长一些,20-25天一次。进入开花结果前期，也就是坐第2-3穗果时病毒病发生严重，不论是春茬还是秋茬，因此在西红柿缓苗后10天左右应开始定期喷施钝毒360，预防用药15天一次，直至第四穗果坐住后，可将间隔增长至30天。钝毒360还能调节植株长势，增强植株对其他病害的抗性；春季3月末4月初为西红柿灰叶斑病高发期，需要在进入高发期之前，也就是三月中旬两次用药分别添加氟硅唑和咪鲜胺，加强对灰叶斑病的预防。进入冬季后为灰霉病、菌核病高发季节，在定期喷施主药的基础上交替添加腐霉利和咯菌腈，直到冬季结束。
按照上述方法定期用药，基本可以保证西红柿病害不会大面积发生，若有病害发生则按下述方法用药治疗：
1.若有晚疫病发生，则在主药基础上添加烯酰·霜脲氰。若茎秆部位发病严重，可用上述药剂添加坐果灵调成糊状，刮净病部后涂抹。
2.若有灰叶斑病或叶霉病发生，主药中交替添加氟硅唑和咪鲜胺进行治疗。
3.若灰叶斑病、炭疽病、叶霉病发生严重，且使用上述药剂无效，可暂停主药使用，单独喷施氟吡菌酰胺·肟菌酯或吡唑醚菌脂·氟唑菌酰胺或吡唑萘菌胺·嘧菌酯。
4.若细菌性髓部坏死或细菌性溃疡病发生严重，导致植株萎蔫，可将颈部纵刨后，用注射器向内部注射喹啉铜。同时配合中生菌素灌根以及叶面喷施。
注意事项：
1. 主药中的喹啉铜不要随意使用其他铜制剂替换，因精甲霜灵锰锌跟含单一金属离子的药剂混合易出现药害。
2.钝毒360使用时一定要明确使用方法，其调节生长作用非常明显，易产生药害。
1、灰叶斑病
用药：
配方1：露娜森（有效成分：氟菌·肟菌酯） + 加收米（春雷霉素）+红糖（15公斤喷雾器[喷雾器是喷雾器材的简称，喷雾器是利用空吸作用将药水或其他液体变成雾状，均匀地喷射到其他物体上的器具，由压缩空气的装置和细管、喷嘴等组成。]，用量25-100克，高温时禁用）
配方2：克无菌（氯溴异氰尿酸）+ 净果精（喹啉铜）
按照药剂的使用说明进行混合使用，要注意两种配方轮换使用，能够取得较好的防治效果。
2、晚疫病
用药：
配方1：必绿（喹啉铜）+ 凯润（吡唑醚菌酯）
配方2：净果精（喹啉铜）+ 凯润（吡唑醚菌酯）
配方3：宝果精（多抗·喹啉铜）+ 凯润（吡唑醚菌酯）
配方4：菲格（精甲·百菌清）+ 克无菌（氯溴异氰尿酸）
配方5：菲格（精甲·百菌清）+ 冠军乐（氢**铜）+ 加收米（春雷霉素）
以上5种配方，每种配方均能取得很好的防治效果，但要轮换使用避免开药性出现，同一年每种配方使用不能超过3次！此外，茎部发病时，最好喷雾之外，用毛笔沾着药水涂抹病斑。
3、茎基腐病
用药：
可以使用络氨铜或霜霉威盐酸盐进行植株喷淋结合灌根进行防治，注意药剂的轮换使用，避免抗药性的产生。
4、青枯病
用药：
配方1：克无菌（氯溴异氰尿酸）
配方2：铜高尚（硫酸铜）
配方3：赛深（甲霜锰锌）+ 碧火 （噻唑锌）+ 信生（腈菌唑）
这三种配方，交替使用，减少抗药性的出现，在进行灌根的同时，要做好排水通风。该病易在高温高湿季节的持续阴雨天后发病，因此在夏季多雨季节，建议在阴雨天前冲施甲壳素等养根状根肥料时，顺便冲施一些氯溴异氰尿酸，可有效预防细菌、真菌引起的青枯病、根腐病、茎基腐病等病害。对于发病较重的植株，要及时拔除带出田外进行销毁，在定植穴施用生石灰进行消毒，防止病原菌进行传播；对于连片发生的植株，再拔除病株并在病株撒生石灰消毒外，围着病株周围挖沟，并在沟内撒生石灰，避免灌溉水流经病土将病菌带往未发病植株周围（如有条件，尽量采用滴灌）。对于其他没有表现出症状的植株，也要及时灌根进行防治。