从病害而言，苗期主要是立枯病、炭疽病[炭疽是由炭疽杆菌所致，一种人畜共患的急性传染病。]、角斑病[角斑病是指发生在林木、果树、黄瓜、番茄等各种作物的叶片上，病斑形状为多角形的一类病害，与褐斑病形态类似。]等，只要加强对土传病害的预防，是较易防治的，而枯黄萎病[植物黄萎病是危害较为严重的维管束病害，其病原菌主要为大丽轮枝菌(Verticillium dahliae Kleb)和黑白轮枝菌(Verticillium alboatrum)，为半知菌亚门、淡色孢科、轮枝菌属。]、茎枯病和红叶茎枯病的防治值得引起注意。对于虫害，常见的棉花害虫是较好防治的，而上升为主要害虫的盲蝽象、棉粉虱和甜菜夜蛾等，应当作主攻对象进行有效防治。
病害防治要结合水肥管理
◣ 苗期病害
对棉花幼苗影响较大的是立枯病、炭疽病、角斑病，无论是露地播种或是营养钵育苗移栽，如遇持续阴雨低温天气，立枯病、炭疽病容易诱发，角斑病则是在高湿高温时传播较快。
立枯病主要为害[基本信息为害详细解释“为害”一词中的“为”相当于“使”,古代就有这种用法。]幼苗地面以下的嫩茎基部，茎基部出现淡褐色水渍状病斑，病斑失水后凹陷迅速猝倒、枯死。炭疽病幼苗茎基部有红色纵形裂纹，后期病斑呈褐色凹陷变黑腐烂，逐渐蔫萎死苗。这两种病均为真菌性病害。角斑病系细菌性病害，真叶感病后在叶背面呈现多角形病斑，有的还延伸至棉苗幼茎，呈现水渍状病斑，然后变黑腐烂。
三种病菌都能潜伏在棉种和土壤中越冬，在农业防治上要注意轮作换茬，排渍滤水，熟化土壤，选用好包衣棉种。在化学防治[化学防治是使用化学药剂 (杀虫剂、杀菌剂、杀螨剂、杀鼠剂等)来防治病虫、杂草和鼠类的危害。]上，可用2.5%咯菌腈种衣剂10毫升，兑水10千克喷施苗床土壤消毒；或用12.5%绿芬配加0.01%芸苔素内脂溶液消毒保苗；还可用半量式波尔多液喷苗或30%噁霉灵水剂1000~1500倍液喷施或灌根。
枯、黄萎病
枯萎病[枯萎病（ blight ）亦称疫病。]、黄萎病这两种病害都为害棉花的茎叶，抑制水分和养分输送，造成棉花减产或者绝收。两种病害的病菌都可在土壤中长期成活，可通过棉种传播，或从根系和根毛入侵，造成维管束堵塞，让棉花植株受伤或者“饿死”。枯萎病发生较早，多数在盛蕾期爆发，黄萎病多在结铃期发生。枯萎病的维管束呈黑褐色，黄萎病的维管束呈黄褐色。
预防棉花枯、黄萎病最有效的方法是实行水旱轮作，并选用抗病性较好的棉花品种。此外还可采用以下措施：
1.施用生物有机肥。生物有机肥或生物有机复合肥中的微生物菌种能分泌有机产物，抑制枯萎病病原菌。
2.避过发病高峰期。棉花进入开花结铃期，如遇到持续阴雨天气，且气温为25℃~30℃时很易感染枯萎病。但若适当调整播种期，可减轻枯萎病的为害。
3.排除渍害。枯、黄萎病在同一棉田[拼音miántián解释1.种植棉花的田地。]中，排水较好的地段不发病或发病较轻，渍水较多的地段发病较重。地势高的棉田发病较少，地势低的发病较重。改善棉田水系设施可以促进棉花根发，减轻或缓解病害。
4.化学防治。可用棉花专用土壤消毒肥，拌三元复合肥作基肥施入；或者用2.5%咯菌腈种衣剂10毫升兑水10千克于苗期喷施；用30%噁霉灵水剂1000~1500倍液灌棉花根系或喷施；用辛菌胺醋酸盐水剂每亩150~250毫升，兑水15千克喷施；用黄腐酸盐等药剂500倍液对轻度感病棉株灌根。
两类茎枯病
茎枯病、红叶茎枯病完全不同：前者是真菌性病害，后者是生理性病害；前者发生在苗、蕾期，以苗期为甚，后者发生在开花结铃期。苗期高温之后转低温阴雨天气易诱发茎枯病，长期高温干旱之后陡降大到暴雨易于诱发红叶茎枯病；茎枯病是局部点片发生，严重的棉花幼苗枯死，红叶茎枯病多是成片急性发生，严重的出现大幅减产。防治措施如下：
1.茎枯病。棉花播种出苗后气温变幅较大，低温阴雨时间较长，发苗速度较慢，会给病菌提供入侵机会，造成部分棉田染病，个别会出现断垅。在预防措施上，要选好经过包衣消毒的棉种；改善田间水系，降低土壤湿度；勤中耕，提高土壤温度，促进发根，增强棉苗免疫能力。此外，及时给棉苗喷施农药，可用1∶1∶200倍波尔多液或18%松铜·咪鲜胺乳油800倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、25%苯菌灵800~1000倍液。
2.红叶茎枯病。红叶茎枯病属于生理性病害，主要采用农业措施加以预防：大力攺良土壤，增施充分腐熟的有机肥料，改善土壤团粒结构，提高保肥保水能力；增施钾肥，每亩施用氯化钾或者硫酸钾15~20千克，可以收到非常明显的效果。
虫害防治对症下药
◣ **害虫
1.地老虎[昆虫名，属鳞翅目，夜蛾科。]。又叫土蚕，是棉花的主要**害虫，有大地老虎、小地老虎和黄地老虎之分。大地老虎一年只发生1代，小地老虎一年发生4~5代，黄地老虎主要在新疆和黄河流域棉区出现。地老虎幼虫为害棉苗分三个阶段，一是初生的幼虫，只食棉花幼苗嫩叶的叶肉，留下表皮，或把幼叶吃成残缺状；二是进入二龄后，可为害幼苗生长点，受害棉株就会萌生幼芽形成多头棉；三是到了三龄后，幼虫可把棉苗主茎咬断，造成缺苗断垅。
防治方法：用糖醋液或杨树幼嫩枝叶诱杀成虫；选用农药喷杀，如20%氯·辛乳油（辛18.5%，氯1.5%）每亩80~120毫升，或90%敌百虫[敌百虫学名O,O-二甲基-(2,2,2-三氯-1-羟基乙基)膦酸酯，中文别名:敌百虫可溶性粉剂;敌百虫兽用;敌百虫原粉;二甲基-(2,2,2-三氯-1-羟基乙基)磷酸酯;精制敌百虫一种有机磷杀虫剂。]晶体1000倍液、50%辛硫磷乳油1000倍液等。
2.蜗牛。蜗牛每年发生1~1.5代，4~5月是第一次产卵高峰，5~6月为害棉苗。活动规律是清晨潜入土壤缝隙中或阴暗处隐藏，晚上8~11时是为害的高峰期。蜗牛的食性较杂，潜伏的地方较多，特别是湿度较大、地势较低、排水不畅的棉田，更是多发地带。
防治方法：可在清晨蜗牛藏匿前，用6%四聚乙醛颗粒剂每亩0.5千克，拌细土或细沙15~20千克，在距离棉苗30~40厘米撒施，蜗牛吸食后脱水死亡，效果达95%以上。还可用90%晶体敌百虫0.5千克，与炒香的棉仁饼10千克拌成毒饵，于傍晚在棉田撒施，每亩用毒饵5千克。或者用90%晶体敌百虫1000~1500倍液喷施。
◣ 蕾铃期害虫
1.棉盲蝽。棉盲蝽种类很多，以绿盲蝽、中黑盲蝽、三点盲蝽为害普遍。棉盲蝽的发生与大田温湿度、棉田周边环境及棉花施肥水平极为相关。当气温在23℃~30℃、湿度在80%以上时，有利于棉盲蝽的大量发生与为害。棉田四周蔬菜面积较大或偏施氮肥的，有助棉盲蝽的滋生与为害。
防治方法：从农业防治而言，要清除棉田四周杂草；疏理棉田沟厢，降低湿度；改善棉田通风透光环境；调减氮肥用量。化学防治上，可采用2%甲氨基阿维菌素苯甲酸盐可湿性液剂5000倍液或啶虫脒3%乳油1500~2000倍液、10%吡虫啉可湿性1500倍液、48%毒死蜱乳油1000~1500倍液、40%毒死蜱以及各类菊酯乳油等防治。
2.棉粉虱。又叫白粉虱、烟粉虱，成虫、若虫均能为害棉花，尤以若虫为害最重。该虫一年可发生10代左右，5月份开始进入棉田为害棉花幼苗，最适宜发生的气温为20℃~30℃，8~9月是高峰期。
防治方法：首先，要认识棉粉虱的为害性，对重发棉田进行群防群治。其次，要彻底净化棉田周边环境，棉田附近的蔬菜大棚便于棉粉虱藏惬，要彻底清理棚内残留枝体，铲除棉田四周杂草。再次，要迅速施用对口农药防治：3%御丹可湿性粉剂每亩60克或3%奇巧乳油每亩50毫升，分别兑水15~30千克喷施；还可20%啶虫脒可湿性粉剂1500倍液与1.8%阿维菌素乳油3000倍液混合喷施；或者3%啶虫脒可湿性粉沫1000~2000倍液、10%烯啶虫胺2000倍液喷施；在发虫初期可以用25%氯氟氰菊酯乳油1000倍液喷施。
3.甜菜夜蛾。该虫害能为害棉花等众多作物，一年发生5~6代，集中为害期在7~9月，由于耐高温能力很强，近几年伏旱多，为害严重。
防治方法：除人工摘除卵块烧毁外，在幼虫三龄前主要是农药喷杀：可用20%氯虫苯甲酰胺悬浮剂，每亩7~13毫升，兑清水45千克喷施；或用0.5%甲维盐·10%虫酰肼750~2000倍液、5%高效氯氰菊酯乳油+5%辛硫磷乳油1000倍液防治。
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