大蒜虽然有很强的辛辣味，也有各种病虫害[病虫害病害和虫害的并称，常对农、林、牧业等造成不良影响。]，其中包括葱蓟马、大蒜蚜虫、大蒜根蛆、大蒜锈病[由4,00 0种以上真菌引致的几千种重要经济植物和杂草的病害。]、大蒜叶枯病[叶枯病多从叶缘、叶尖侵染发生，病斑由小到大不规则状，红褐色至灰褐色，病斑连片成大枯斑，干枯面积达叶片的1/3-1/2，病斑边缘有一较病斑深的带；病健界限明显。]、大蒜灰霉病、大蒜紫斑病及黄斑病等，这些病虫害在部分地块和个别年份危害[危险灾害。]严重，经常造成大面积减产，甚至于绝收。其中大蒜锈病发病以后传播速度快，症状明显，危害特别严重，在及时预防的前提下，可以挽救损失，正确选择农药可以及时阻止病害[植物体发育不良、枯萎或死亡，一般由细菌、真菌、病毒、藻类或不适宜的气候与土壤等因素造成，属于自然灾害。]的蔓延，增加产量。
大蒜锈病症状：大蒜锈病主要危害假茎和叶片[叶片是叶的主体部分，通常为一很薄的扁平体，有利于光穿透叶的组织以及最大面积的吸收光、二**碳进行光合作用。]，最初出现在叶片上面，叶片出现褪绿条斑，后来产生凸起，病斑破裂以后会散发出大量的黄色粉末（夏孢子），叶片上的黑色小点是冬孢子。
发生流行规律和预防措施：大蒜锈病在早春低温、夏秋季节的连续阴雨天气，田间[田间 (1916—1985)，男，原名童天鉴，安徽省无为县开城镇羊山人，著名诗人。]湿度大的环境中容易传染和流行，短期内就会造成整个叶片感病，也会迅速传染到整个地块，严重时，整株枯死，没有任何产量。
大蒜锈病不但危害大蒜，也危害大葱、小葱、韭菜和洋葱等葱蒜类农作物，所以，相邻地块也会相互传染。大蒜锈病依靠夏孢子在各种葱蒜类植株和留种植株的病斑上越冬和越夏，在气候适宜时迅速扩散，加重危害，所以，葱蒜类连作会加重病害发生几率。
清洁病残株和遗留在田间的叶片等，可以降低病原基数。有报道称，遗留在田间的干葱叶上的锈病夏孢子，越冬后仍有25%存活。
不同的品种的抗性不同，选择抗病、耐病品种，是预防大蒜锈病的主要措施。其中苍山蒜属于抗锈病品种，舒城蒜、紫皮蒜和小石口大蒜等属于耐锈病品种，可以在适宜地区推广。
地膜栽培大蒜，可以推迟播期，避免秋季连阴雨天气的侵染机会；可以提高土壤温度[土壤温度（soil temperature） 是指地面以下土壤中的温度。]，减少浇水次数，降低田间湿度，减轻病害发生。
根据实践经验，单施氮肥，而且氮肥使用过多，会造成植株徒长，锈病发生严重，建议选用高氮高钾型复合肥，随水施入。
大蒜锈病发病初期，选用三唑酮[三唑酮属于低毒性杀菌剂。]可湿性粉剂、三唑酮乳油、戊唑醇、丙环唑、氯溴异氰尿酸防治效果较好，也可以选用复配剂，间隔15天喷施一次，即可达到预期效果。