在中药材[是指在汉族传统医术指导下应用的原生药材。]拌种时有三种肥料不可用，含有毒害作用的肥料、含有害离子的肥料、含有腐蚀作用的肥料这三类都不能应用到中药材拌种的肥料中。
一、含有毒害作用的肥料
主要是农作物[指农业上栽培的各种植物。]生产中使用多的尿素。尿素在农作物生产过程中，常生成少量的缩二脲[白色长片形结晶。]，该物质的含量超过2%，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也会透入药材种子的蛋白质分子结构[分子结构，或称分子立体结构、分子形状、分子几何，建立在光谱学数据之上，用以描述分子中**的三维排列方式。]中，使蛋白质变形，影响种子的发芽。
二、含有害离子的肥料
一类是氯化钾[氯化钾，化学式KCl，无色立方晶体，常为长柱状。]、氯化铵。此类化肥含有氯离子[氯离子（Cl-）是广泛存在于自然界的氯的-1价离子，无色。]，施入后会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗的生长不利。另一个类是硝酸铵[硝酸铵（NH4NO3）是一种铵盐，呈无色无臭的透明晶体或呈白色的晶体，极易溶于水，易吸湿结块，溶解时吸收大量热。]、硝酸钾[硝酸钾，是指一种含氮13.8%、**钾46.6%的化学肥料。]。因含有硝酸根离子，对种子发芽影响很大。
三、含有腐蚀作用的肥料
如碳酸氢铵[碳酸氢铵是一种白色化合物，呈粒状，板状或柱状结晶，有氨臭。]和过磷酸钙[又称普通过磷酸钙，简称普钙，是用硫酸分解磷矿直接制得的磷肥。]。若用此类化肥作中药材栽培时的种肥，对种子的发芽和幼苗都会产生严重危害。若土质差，一定要此类肥料，可将其施在沟下或底层，上面覆盖一层细土后再撒播药材种子；也可将过磷酸钙与土杂肥混合均匀后施用。在种植中药材时应避免此类化肥与药材种子的幼苗直接接触。
中药材拌种三类肥料不宜用，如果中药材拌种的作物上肥料施用不合理，则会给作物造成一定的危害。