1、按化学成分来源和化学结构可分为：
无机杀菌剂[杀菌剂是用于防治由各种病原微生物引起的植物病害的一类农药。]（硫磺、硫酸铜、波尔多液[波尔多液是无机铜素杀菌剂。]、石硫合剂）、
有机杀菌剂（有机硫类、有机磷类、有机锡类、氨基甲酸酯[氨基甲酸酯是氨基或胺基直接与甲酸酯的羰基相连的化合物。]类、苯并咪唑[苯并咪唑是一种化学物质，分子式是C7H6N2。]类、三唑类、杂环类）
生物杀菌剂（多氧清（多抗霉素[抗霉素是一种药品，用作抗真菌剂、杀昆虫剂与杀螨剂。]）、井冈霉素、春雷霉素、链霉素[链霉素（streptomycin）是一种氨基糖苷类抗生素。]）
2、按作用方式或机制可分为：
保护剂（波尔多液、百菌清、代森锰锌）
治疗剂（甲基托布津、多菌灵[多菌灵又名棉萎灵、苯并咪唑44号。]、三唑酮[三唑酮属于低毒性杀菌剂。]、腈菌唑、霜脲氰）
3、按使用方法可分为：
土壤处理剂[表面处理剂 （surface treating agent ）为了提高粘接性能，用作处理塑料、填料、颜料和粘接载体等表面的物质。]（五氯硝基苯[硝基苯，有机化合物，又名密斑油、苦杏仁油，无色或微黄色具苦杏仁味的油状液体。]）
叶面喷洒剂（三唑酮、多菌灵、代森锰锌）
种子处理剂（咪鲜胺、苯醚甲环唑）
4、按有效含量可分为：
含铜杀菌剂：波尔多液、氢**铜[氢**铜（Copper hydroxide），分子式Cu(OH)2，干粉末呈现蓝色或晶体，微毒，用作分析试剂，还用于医药、农药等。]、王铜、洛氨铜、琥胶肥酸铜（DT）、壬菌铜
含硫杀菌剂：硫磺、石硫合剂、代森锰锌、代森锌、丙森锌、代森联、福美双
三唑类杀菌剂：三唑酮、戊唑醇、腈菌唑、丙环唑、氟硅唑、苯醚甲环唑、烯唑醇
苯并咪唑类杀菌剂：多菌灵、甲基硫菌灵、苯菌灵
咪唑类杀菌剂：咪鲜胺、抑霉唑（万利得、戴挫霉）、氟菌唑（特福灵）
苯基酰胺类杀菌剂：甲霜灵、噁霉灵
甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂：嘧菌酯（阿米西达）、醚菌酯（翠贝）
氨基甲酸酯类杀菌剂：霜霉威、乙霉威
二甲酰亚胺类杀菌剂：腐霉利（速克灵）、乙烯菌核利（农利灵）、菌核净、异菌脲（扑海因）
取代苯类杀菌剂：百菌清、五氯硝基苯、敌磺钠、
吗啉类杀菌剂：烯酰吗啉、氟吗啉、十三吗啉
有机磷、胂、锡杀菌剂：三乙膦酸铝、稻瘟净
其他有机杂环类杀菌剂：三环唑、恶霉灵、叶枯唑、嘧霉胺
其他合成杀菌剂：霜脲氰、溴菌清、
抗生素类杀菌剂：井岗霉素、多抗霉素、武夷霉素、春雷霉素、宁南霉素、农用链霉素
微生物和植物杀菌剂：大蒜素、枯草芽孢杆菌