种子肥料选用一定要合理要得当。
不选有腐蚀性[腐蚀性是指金属与环境间的物理和化学相互作用，使金属性能发生变化，导致金属，环境及其构成系功会受到损伤的现象。]作用的肥料：碳酸氢铵[碳酸氢铵是一种白色化合物，呈粒状，板状或柱状结晶，有氨臭。]、氨水具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗，过磷酸钙[又称普通过磷酸钙，简称普钙，是用硫酸分解磷矿直接制得的磷肥。]含有游离态[游离态是元素存在的一种状态，和化合态相对，在化学上，指一元素不与其他元素化合，而能单独存在的状态。]的硫酸和磷酸，对种子发芽和幼苗生长会造成伤害，一般不宜做种肥。可将这类肥料施在播种沟之下或与种子相隔一定的土层，或将过磷酸钙与土杂肥混合施用。
不选有毒害作用的肥料：尿素中常含有少量的缩二脲[白色长片形结晶。]成分，对种子和幼苗有毒害作用。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，使蛋白质变性，影响种子发芽。
不选含有害离子的肥料：氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利。硝酸铵、硝酸钾[硝酸钾，是指一种含氮13.8%、**钾46.6%的化学肥料。]等肥料所含的硝酸根离子，对种子发芽也有影响。
不选强碱性化肥：窑灰钾肥、钢渣磷肥等强碱性肥料也不宜做种肥。窑灰钾肥吸湿性强，吸水后放出大量热量，易烧坏种子和幼根。须作种肥时，必须与有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]混合，施入播种沟穴内，再播种覆土。
不选未腐熟的农家肥[农家肥的种类繁多而且来源广、数量大，便于就地取材，就地使用，成本也比较低。]：农村常用厩肥、人粪尿水等做种肥，如果未腐熟，在发酵过程中释放大量热能易烧根系，释放氨气灼伤幼苗。所以未腐熟的有机肥不要施用，经过堆沤高温发酵，腐熟后才能做种肥。