国内绿色食品[绿色食品，是指产自优良生态环境、按照绿色食品标准生产、实行全程质量控制并获得绿色食品标志使用权的安全、优质食用农产品及相关产品。]的肥料标准中，规定只准施用有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]和微生物肥[狭义的生物肥料，是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能代替化肥。]。因为有机肥是的。
所谓有机肥是指农家就地取材[就地取材是一个成语，读音是jiù dì qǔ cái，意思是就在原地选取材料。]、自行积存制作的多种肥料，也称“农家肥[农家肥的种类繁多而且来源广、数量大，便于就地取材，就地使用，成本也比较低。]”。有机肥以富含有机质[有机质泛指土壤中来源于生命的物质，包括土壤微生物和土壤动物及其分泌物以及土体中植物残体和植物分泌物。]的动物、植物为原料积制而成，除含植物所必需的氮、磷、钾外，还含有其他营养成分，故又称完全肥料[性质：不完全肥料的相对名称。]。常用的有人粪尿[人粪约含氮1%（主要是蛋白质氮素），磷（以五**二磷计算）0.5%，钾（以**钾计算）0.4%。]、厩肥、家禽粪、家畜的蹄角、鱼杂、骨粉等动物性肥料和油粕、绿肥、豆饼、酱渣、米糠、堆肥、塘泥、泥炭等植物性肥料。有机肥须经腐熟后才能施用，否则对作物是有害的。
一般认为，大量施用有机肥可改良土壤，使沙土变得肥沃、黏土变得疏松易耕，此外，还可协调土壤中空气与水分的比例，从而有利于作物根系的生长和对水分、养料的吸收。
然而，有机肥和化肥一样，施用不当同样会带来硝酸盐[硝酸HNO3与金属反应形成的盐类。]淋失、温室气体排放等生态威胁。目前，一些发达国家已经通过立法的形式来控制和指导农田有机肥的施用。
近些年，我国规模化养殖业迅速发展，畜禽粪便中重金属[重金属：相对密度在5以上的金属，称作重金属。]、等含量增加，有机肥的性也存在隐患。
那么，如何施用有机肥才科学合理呢？一是注意选择优质的有机肥，选用商品有机肥时选用正规大厂生产的；二是有机肥必须腐熟后施用；三是配合生物肥施用，有机肥无论是基施还是冲施，配合生物肥施用，因为有机肥在与生物肥配合施用后，生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机质的分解，使其更利于作物吸收；四是严格控制有机肥施用量，不可过量施用。