有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]应用有下面四大问题需要我们留心：
1、配施化学肥料[化学肥料简称化肥。]使用
有机肥分解慢，肥效较迟。一些农民朋友把有机肥看作“”肥，往往只施用有机肥料[有机肥料亦称“农家肥料”。]，而不施化学肥料，造成作物对养分吸收不平衡，满足不了作物各个生长发育[生长是指身体各器官、系统的长大和形态变化，是量的改变；发育是指细胞、组织和器官的分化完善与功能上的成熟，产质的改变。]时期的养分需求。所以施肥时一定注意配施化肥，做到相互补充，缓急相济[缓急相济是一个汉语词汇，读音是huǎn jí xiāng jì，意思是凡遇到困难，不管缓急，都进行帮助，出自《二十年目睹之怪现状》。]，合理搭配。
2、堆沤发酵要腐熟
大部分有机肥物理性质[物理学专业术语，关于物理性质的定义有两个，一是指物质不需要经过化学变化就表现出来的性质， 二是指物质没有发生化学反应就表现出来的性质叫做物理性质。]比较复杂，常带有病菌、虫卵和杂草种子，不经过腐熟，对作物生长不利，所以有机肥应经堆沤发酵加以处理后(可在有机肥中加入辛硫磷[辛硫磷杀虫谱广，击倒力强，以触杀和胃毒作用为主，无内吸作用，对鳞翅目幼虫很有效，在田间因对光不稳定，很快分解，所以残留期短，残留危险小，但该药施入土中，残留期很长，适合于防治**害虫， 剂型 50%，45%辛硫磷乳油，5%颗粒剂。]等杀虫、剂等)施用。
3、施肥量[施肥量，是指肥料施用的数量。]不宜过大
有机肥体积大，含养分低，需大量施用才能满足作物的生长需求，但并不是越多越好。如种植大白菜，每亩施腐熟圈肥4000-6000千克就足够了。
4、有机肥要保证质量
有机肥的质量如何，对作物产量和质量产生很大的影响，尤其是在提倡种植无公害蔬菜的今天，更为重要。如一些含重金属的有机肥不仅对蔬菜产量和质量有影响，还污染环境，所以对有机肥一定要选择使用。