粪尿类有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]的科学施用[施用是一个汉语词语，拼音：shì yòng释义：1. 施行，实行。]方法：
其一，不能施用生粪，必须腐熟和经过堆制转化。要将大量分散的原生粪尿堆制成合格的有机肥，不仅需要技术，更需要劳动力。在当前农村壮劳力很缺乏的条件下，人们可随处见到生粪起出后，数月甚至半年堆积在路边与村头，任其日晒雨淋，造成粪尿类肥料的氨气挥发和氮钾养分[有营养的物质或化合物；尤指被绿色植物摄取的和有机合成中应用的化学元素或无机化合物（如硝酸盐） 。]的流失和虫卵病菌传播的严重现象。等到了生产用肥的时候，就直接上到地里。这种现象应该改变。
其二，适量施用的原则。控制粪肥[1：用作肥料的粪、堆肥2：为田地施肥的有机物3：与腐烂的植物质混合用作肥料的粪便…]用量的做法，在欧盟国家已经提出了控量施用的规定。以英国为例，将施用量定在170公斤（氮）/公顷之内。然而，近年来我国部分地区的蔬菜和果园生产中，每亩粪肥的施用量平均达到2吨以上，有的菜地还达10吨，这样盲目而普遍超高的粪肥施用量，造成了菜地养分富集和水体污染的形势。由于粪肥富含有机氮其分解的终产物[代谢终产物是生物通过新陈代谢作用，在生物体内经过一系列复杂的物理和化学作用，所生成的最终的，不能继续被生物体利用而通过各种途径排出体外的物质的统称。]也是硝酸盐[硝酸HNO3与金属反应形成的盐类。]，同样对水体和环境可能产生污染，粪肥还可能有重金属[重金属：相对密度在5以上的金属，称作重金属。]超标等问题。