棉花苗期[苗期，是指谷类作物从出苗到拔节的时期。]肥料正确使用可有效达到壮苗效果。
苗床[苗床（miáo chuáng）是用于培育植物秧苗的小块土地。]基肥[基肥，系指作物播种或定植前、多年生作物在生长季末或生长季初，结合土壤耕作所施用的肥料。]精而适量棉花苗期植株体小，需要的养分不多，苗床基肥用量不宜过多，强调精而适量。有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]要腐熟[腐熟指茎、叶、秆等难分解有机物经发酵腐烂成有效肥分和腐殖质的过程。]，并剔除杂草根茎。选用生物有机肥的，每10平方米苗床用量不超过5公斤，复合肥[复合肥料是指含有两种或两种以上营养元素的化肥，复合肥具有养分含量高、副成分少且物理性状好等优点，对于平衡施肥，提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。]用量不超过1公斤。选用腐熟人粪尿[人粪约含氮1%（主要是蛋白质氮素），磷（以五**二磷计算）0.5%，钾（以**钾计算）0.4%。]的，提前20天施用，施肥后耕翻，与土混匀。不能用尿素[尿素，又称碳酰胺（carbamide)，是由碳、氮、氧、氢组成的有机化合物是一种白色晶体。]作苗床基肥。
大田基肥深施、早施目前不少棉田没有耕翻预留棉行，准备工作滞后，准备移栽棉苗的田块中满幅油菜或小麦，施用基肥时间紧迫。当务之急，一是抓紧深翻预留棉行，在油菜、小麦收获后抢施基肥，每亩施高含量复合肥30～40公斤。
棉苗追肥重在轻速棉花苗期营养体小、根系幼嫩，追肥用量一次不能过大，否则会产生反渗透[反渗透又称逆渗透，一种以压力差为推动力，从溶液中分离出溶剂的膜分离操作。]，使棉苗水分倒流，抑制生长发育。苗床上宜施腐熟烯粪水或稀尿素溶液，同时配施惠满丰等活性液肥。大田移栽的棉苗待新叶展开后再施尿素，每亩用量不超过5公斤。