生物肥料[肥料是指提供一种或一种以上植物必需的营养元素，改善土壤性质、提高土壤肥力水平的一类物质，是农业生产的物质基础之一。]的施用，不是一成不变的，要根据菌肥[菌肥，亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等。]类型不同而进行改变的。
生物肥料的质量要求
生物肥料作为农资产品，必需在活菌数、杂菌率、有效期等方面达到一定的质量要求（NY227—94）。除了农用微生物[微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。]菌剂[菌剂，是由有益微生物制成的活菌制剂，广泛应用于饲料添加、有机物料腐熟、土壤改良和修复处理、污水净化处理等。]外，还有以此为基础的复合微生物肥料和生物有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]。复合微生物肥料是指特定农用微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或质量的活体微生物制品。按NG/T798—2004的技术标准[技术标准是对标准化领域中需要协调统一的技术事项所制订的标准。]，液体、粉剂、颗粒等不同剂型产品的总养分（N+P2O5+K2O）含量分别不得低于4%、6%和6%，但化肥[化学肥料简称化肥。]含量也不是越高越好，过高将抑制微生物活性；生物有机肥是指特定农用微生物与动植物废弃物经无害化、腐殖化处理得到的有机物料复合而成的肥料，他兼有微生物肥料和有机肥料的特点，按NY884—2004的技术标准，肥料的有机质含量不得低于25%。
微生物肥料的选用
可以作基肥[基肥，系指作物播种或定植前、多年生作物在生长季末或生长季初，结合土壤耕作所施用的肥料。]、追肥[追肥，是指在植物生长期间为补充和调节植物营养而施用的肥料。]，可沟施或穴施，也可用来拌种、浸种、蘸根或叶面喷施，具体因菌肥类型而异。
（1）农用菌剂，亩用2kg固态菌剂与40-60kg腐熟有机肥混合均匀后作基肥、追肥或育苗；将固态菌剂与营养土掺匀制作营养钵，或与稀泥浆混拌，在苗木移栽前蘸根；播前将种子浸入10-20倍菌剂稀释液[简介稀释液顾名思义就是我们所需的纯溶液加水（或其他溶剂）而降低浓度后得到的溶液，注意：是混合物！！！在日常的实际实验操作中，我们往往不需要纯溶液进行实验，因此采用加水稀释的方式来得到浓度较低的溶液，从而更好的实验。]或用稀释液喷湿，使种子与液态生物菌剂接触后再播种；幼苗移栽前将根系浸入稀释10-20倍的液态菌剂中，立即取出，或用上述稀释液喷湿幼苗根系；将菌剂稀释100倍后用于灌根或冲施；将菌剂稀释500倍作叶面肥[叶面施肥是植物吸收营养成分的一种补充，来弥补根系吸收养分的不足，叶面施肥不能代替土壤施肥。]。
（2）复合微生物肥，可作基肥和追肥，亩施用量10-20kg；稀释500倍作叶面肥，按产品说明书要求喷施。
（3）生物有机肥，可作基肥和追肥，作基肥时亩施用量约100kg，配施适量农家肥；作追肥用量适当减少，较化肥提前7-10天施入，且应配施适量化肥。
此外，当土壤氮磷钾养分含量较高或大量施用氮磷钾化肥时，根瘤菌[与豆科植物共生，形成根瘤并固定空气中的氮气供植物营养的一类杆状细菌。]、解磷、解钾菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用过量就会抑制根瘤菌的活动，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在贮存时不能与农药、化肥和过酸、过碱物质混放；不要与大量化肥或酸碱性化肥混施；土壤过酸、过碱或干旱都影响菌肥效应发挥。