现在有很多的生物肥料[狭义的生物肥料，是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能代替化肥。]都是一些作用废弃形成的，那么食用菌[食用菌是指子实体硕大、可供食用的蕈菌（大型真菌），通称为蘑菇。]废料[废料是指报废的物料，即经过相当使用，本身已经残缺不堪或磨损过甚或已经超过其寿命年限，以至失去原有的功能，本身已经无利用价值的物料。]作肥料的时候我们有几点事项需要注意：
栽培[栽培指种植并培养植物。]食用菌后产生的废料是一种优质的有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]，深施后掩埋，可改良土壤。
现在，不少菜农[狭义上的菜农，指从事蔬菜生产的农民。]为增加大棚土壤有机质[有机质泛指土壤中来源于生命的物质，包括土壤微生物和土壤动物及其分泌物以及土体中植物残体和植物分泌物。]的含量，把食用菌废料作为有机肥直接施到了土壤中，但施用[施用是一个汉语词语，拼音：shì yòng释义：1. 施行，实行。]后却出现了烧根现象。对此，有些菜农提出了疑问：“食用菌培养料都是熟料，经过了高温，菌丝又充满了菌袋，难道还没有腐熟[腐熟指茎、叶、秆等难分解有机物经发酵腐烂成有效肥分和腐殖质的过程。]?”
其实，食用菌培养料的高温蒸料过程只是一个过程，只是将食用菌原料中的各种、、寄生虫[寄生虫（parasite）指神经系统和消化系统高度退化，一生中大多数时间寄生于其他动物体内或体表的动物。]卵等经过高温杀死，不具备发酵[发酵指人们借助微生物在有氧或无氧条件下的生命活动来制备微生物菌体本身、或者直接代谢产物或次级代谢产物的过程。]腐熟的作用。有机肥发酵腐熟需要的温度在60℃~70℃，热量主要由微生物[微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。]分解产生，它主要的作用是将有机肥中的有机质分解为腐殖酸[腐植酸（Humic Acid，简写HA）又称胡敏酸，一种天然有机高分子化合物，是腐殖质的主要组成部分。]等活性成分，将固态的氮、磷、钾等在微生物的作用下转化为有利于作物吸收的养分。
食用菌栽培过程中菌丝可以充满整个菌袋，但现在栽培的食用菌多为中低温型，多在低于18℃的条件下进行栽培。而这样的温度仅仅适合食用菌的生长，不具备发酵腐熟的条件。
所以菜农在施用食用菌废料时，要注意先进行堆沤发酵，待其腐熟再施用。