菌肥[菌肥，亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等。]是菜农[狭义上的菜农，指从事蔬菜生产的农民。]朋友们喜爱选择的肥料之一，但是，在施用[施用是一个汉语词语，拼音：shì yòng释义：1. 施行，实行。]的时候，我们会有很多盲点没有注意，这样往往适得其反，造成不必要的损失。
菌肥用量越多越好，忽视了补充N、P、K。
菌肥能够改良土壤结构，为作物[作物，拼音是zùo wù，指油料作物、粮食作物、经济作物等。]和土壤微生物[微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。]生长提供良好的营养和环境条件，施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但并不是越多越好。这是因为N、、K才是作物生长所需要的大量元素，而生物菌肥富含生物菌，含有作物所需的这些营养很少，它的作用是解磷解钾，防止死棵。因此当土壤中营养元素缺乏时，即使施用菌肥再多，农作物的产量也不会再增加。另外，当施肥量[施肥量，是指肥料施用的数量。]超过产量施肥量时，作物的产量便随施肥量的增加而减少，生产投入成本增加而收益降低。因此，盲目大量施用生物菌肥达不到增产增收的目的。
菌肥单施，不与肥料混用。
有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用，混用后高浓度的化学物质会杀肥中的活性菌，因而菌肥就失去了其意义，其实不对。
菌肥作追肥进行冲施时，因自身营养含量低，若单用则难以满足作物正常生长的养分[有营养的物质或化合物；尤指被绿色植物摄取的和有机合成中应用的化学元素或无机化合物（如硝酸盐） 。]需求。同时，菌肥除了不宜与碳酸氢铵[碳酸氢铵是一种白色化合物，呈粒状，板状或柱状结晶，有氨臭。]等化肥[化学肥料简称化肥。]混用外，与其它化肥混用还有不少好处。如过磷酸钙施易被土壤固定而失效，与菌肥混合后施用，减少了化肥与土壤的接触面，减少养分的固定，同时化肥也可以被菌肥吸收保蓄，减少养分流失。单独施用较大量化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，若与菌肥混合后施用，则不会发生此类问题。而且化肥只能为作物提供一种或几种养分，长期施用，作物会产生缺素症[缺素症是指植物在生长过程中因缺乏某种营养素而导致的一些生长异常的症状。]。菌肥含有大量的有益微生物，能够改善土壤理化性质和微生物体系，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。
认为菌肥防死棵，忽视了其它防治措施。
死棵是近年来棚室蔬菜为突出的病害。随着菌肥的不断推广应用，很多菜农穴施菌肥有效地控制住了蔬菜死棵的发展，于是生产中不少菜农就将使用菌肥作为抑制蔬菜死棵的措施。菌肥的确可以起到以菌抑菌的防病效果，但是菌肥不是农药，不能达到农药防治病害的效果。一旦发生病害，特别是根茎部病害，还要使用药剂对症用药进行防治，不可过分依赖菌肥的防病功效。