其实，有些好的菌肥[菌肥，亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等。]，如金宝贝[金宝贝Gymboree，美国专业儿童成长第一品牌，以早教与服装作为业务依托。]菌肥，不仅含有大量固氮、解磷、解钾活性菌，还含有有机质[有机质泛指土壤中来源于生命的物质，包括土壤微生物和土壤动物及其分泌物以及土体中植物残体和植物分泌物。]、腐殖酸[腐植酸（Humic Acid，简写HA）又称胡敏酸，一种天然有机高分子化合物，是腐殖质的主要组成部分。]和微量元素[微量元素在人体中存在量极少，通常指低于人体体重0.01%的矿物质。]等。
菌肥是从自然界中采集到的活性菌种，经人工提纯、复壮等技术加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。好的菌肥，如金宝贝菌肥，不仅含有大量固氮、解磷、解钾活性菌，还含有有机质、腐殖酸和微量元素等。在施用过程中应注意以下几点：
(1)有效期[药品的有效期是指药品在规定的贮藏条件下质量能够符合规定要求的期限。]。存放时间超过有效期的微生物[微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。]肥料不要使用，目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，过期的微生物肥料效果肯定不好。也有一些微生物肥料可以存放比较长，拿金宝贝微生物菌肥来说，一般来说金宝贝微生物菌肥当中可以正常存放2年，如果超过4年的话，其菌种的休眠状态可能被破坏。
(2)温度。施用菌肥的温度是25-37摄氏度[摄氏度是摄氏温标(C)的温度计量单位，用符号℃表示，是目前世界上使用较为广泛的一种温标。]，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物[指农业上栽培的各种植物。]田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度土壤的含水量是60%-70%。
(3)地点。对含硫高的土壤和透水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。
(4)菌数。有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克(颗粒1亿/克)，复合微生物肥料和生物有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。金宝贝微生物菌肥中活效菌数，大约4～6亿/克。
(5)时期。生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期[在**期与低潮期相互转换的时期称为临界期，临界期这个词语主要应用于自然界、医学、生活领域。]和营养大量吸收期前7-10天施用，效果。
(6)混合。应注意，不应将菌肥与剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾[硫酸钾，是指—种重要的含硫、钾元素的无氯钾肥。]等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥[农家肥的种类繁多而且来源广、数量大，便于就地取材，就地使用，成本也比较低。]混肥。
(7)用量。对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。