有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]料能明显的改良土壤[土壤（英文名称：Soil）位于地球陆地表面，具有一定肥力，能够生长植物的疏松层。]、改善产品质量，减少作物[作物，拼音是zùo wù，指油料作物、粮食作物、经济作物等。]病虫害[病虫害病害和虫害的并称，常对农、林、牧业等造成不良影响。]等优势，不像化肥那样容易伤根死苗，但也不能偏面的认为有机肥施用[施用是一个汉语词语，拼音：shì yòng释义：1. 施行，实行。]越多越好。
实际上过量施用有机肥也会同过量施用化肥一样产生危害，其表现为作物根部吸水困难，易发生烧根黄叶、僵苗不长、叶片畸形等病状，严重后果是作物逐渐萎缩而枯死。主要因素是过量施用有机肥造成土壤中缺水、供养不平衡，使土壤中硝酸离子成份聚积，硝酸盐[硝酸HNO3与金属反应形成的盐类。]含量超标，从而使作物发生肥害。怎样避免有机肥施用过量呢，建议按作物“四类一体”配方百分比施肥[施肥，是指将肥料施于土壤中或喷洒在植物上，提供植物所需养分，并保持和提高土壤肥力的农业技术措施。]法来控制有机肥的施用量，同时还要注意以下事项：
一、严格遵守配方比例施用。宣传有机肥对农作物[指农业上栽培的各种植物。]生长有利的科技知识，合理的将生物菌肥[菌肥，亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等。]与农家有机肥、矿物肥、化肥相配合，坚持按“四类一体”配方平衡施肥技术，并按作物生长期[一年中植物显著可见的生长期间，称为生长期，也称为生季。]营养需求指导施肥，实践证明：以生物菌肥1-2%、有机质[有机质泛指土壤中来源于生命的物质，包括土壤微生物和土壤动物及其分泌物以及土体中植物残体和植物分泌物。]肥50-60%、中微量元素肥10-20%、氮磷钾大量元素肥30-40%的配合比例，增产效果能显著提高20-30%。由此可见，合理应用生物有机菌肥是现代有机农业发展的必然趋势。
二、腐熟发酵后再施用。有机生物肥料，能活化土壤、改良土壤，增强农作物的抗病、抗虫、抗灾能力，能提高作物品质和增产量。但自然界[自然界指包括人类社会在内的整个客观世界;而环境指以人为中心的一切客观事物的总和。]中的禽畜栏、人畜粪肥及饼粕类等有机肥必须要腐熟发酵后再施用。经过发酵后，一是均衡了有机肥中的酸性，减少了硝酸盐含量，补充了水分，有利与自然界土壤中微生物菌的组合应用;二是发酵后能杀灭原粪肥中寄生虫卵、有害生物病菌等直接给作物和土壤带来的病菌与危害。
三、尽量作底肥深耕后施用。改进施肥方法，一是尽量将有机肥深施或盖入土里，避免地表撒施肥料现象，减少肥料的流失浪费和环境污染;二是作物苗期基肥要深施或早施，尤其是要严格控制作物苗期氮肥的施用量;三是要按作物生长营养需求规律来施肥，一般生长期短的作物可作底肥一次性施入，像生长期长的棉花栽培施肥，应该分前后期来施用，即“前轻、后重”来合理施入，才能达到预期的目标产量效果。
四、配合生物有机菌肥施用。在现实生产中，土壤中有机质的贫乏就易使作物发生病菌害、产量低。多施有机质肥，不仅能提高作物产量和品质，而且还能使作物有抗旱、抗早衰和抗病虫害能力。尤其是有机肥与生物菌肥的结合应用，能使土壤具有较好的固氮、解磷、解钾的功能，起到改良土壤，提高肥料利用率和节本、增产、增收的效果。