麦秆菊的锈病
麦秆菊会发生的锈病有黑锈病、白锈病、褐锈病等。锈病主要危害麦秆菊的叶和茎，以叶受害为重。黑锈病是锈病中危害较大的一种，表现为叶片表面出现白色的小斑点，逐渐扩大，使叶片干枯。
锈病的发生有许多原因，栽培管理不良、通风透光条件差、地势低洼排水不良、空气湿度大等，都会促进麦秆菊锈病的发生。
当麦秆菊出现锈病时，要加强栽培管理。在栽植过程中，避免密植，加强通风透光。发现病叶、病枝要及时剪除，以防病菌蔓延。
在锈病发病期间可以喷洒80%代森锰锌500倍液、25%粉锈宁可湿性粉剂1500倍液、20%萎锈灵乳油400倍液等进行治疗，每7-10天喷一次，交替使用，连喷3-4次，可达到良好防治效果。
麦秆菊的白粉病
白粉病由真菌引起，主要危害麦秆菊的叶及茎。在发病初期，麦秆菊会出现白色小斑点，逐渐扩大，叶片卷曲，枝条畸形，花少而小，甚至全株枯死。此病在温度较高、湿度较大、光照少、通风不良、昼夜温差10℃左右时最易感染发病。
当麦秆菊发生白粉病要注意通风透光，摘除早期病叶烧毁，并在发病前喷洒多菌灵、50%可湿性托布津800-1000倍液、50%代森铵1000倍液进行防治，每周一次，连续喷施4-5次。
麦秆菊的灰霉病
灰霉病主要危害麦秆菊的叶、茎、花等部位。叶片边缘有褐色病斑，叶柄花柄软化，外皮腐烂。一般在高温多雨、氮肥施用过多、栽植过密以及土壤质地粘重时，灰霉病容易发生。
当麦秆菊出现灰霉病时，应及时清除病叶，集中烧掉。平时注意改善通风透光条件，不偏施氮肥，雨季注意开沟，严防土壤灌水，在发病初期可喷洒波美0.3-0.5度的石硫合剂、代森锌、多菌灵等杀菌剂。