外观不同
先说一下它们叶子的不同。前者的叶子是椭圆形，长度在三点五到六厘米，宽度在五到十厘米；而后者的叶子是圆形或者卵圆形，直径在一点五厘米左右。再就是它们叶柄的不同，前者的叶柄长二十五到四十厘米，后者的则是五到十厘米，前者的要长得多。
分布不同
它们在世界的分布都比较广泛，这里就不详细说了。它们主要的不同是在我国的分布地区。前者主要分布在湖南、江西、浙江、四川等省份，也就是多分布在南方的省份；不过后者的分布要稍微广一些，在我国大部分省份都有分布。
食用价值不同
对于莼菜来说，它的食用是非常普遍的，在民间有着许多关于它的菜肴，甚至从古代开始就已经把它作为食材来使用了。至于荇菜，也并不是说它不能吃，只不过用它来作为食材的情况非常少，并且也有禁忌，比如说因为它具有壮阳的功效，所以小孩子时不能随便吃的。
花果期不同
对于莼菜来说，它的花期大概在六月份，果期大概在十月份前后；而对于荇菜来说，花果期在四月份到十月份这个范围。所以，相比较来说，它的花果期要稍微长一些。