1、科属不同[不同是一个词，基本意思是不相同。]：小叶黄杨为黄杨属常绿灌木，大叶黄杨[大叶黄杨（学名：Buxus megistophylla Levl.）：灌木或小乔木，高0.6-2米，胸径5厘米；小枝四棱形，光滑、无毛。]为卫矛属灌木。2、别称[别称是一个汉语词汇，拼音是bié chēng，指与常用名称同为官方正式名称的其他名称。]不同：小叶黄杨别称瓜子黄杨，大叶黄杨别称长叶黄杨。3、习性不同：小叶黄杨忌酸性土[酸性土是pH值小于7的土壤总称。]壤，大叶黄杨酸性土也能适应。4、形态不同：小叶黄杨高2米，大叶黄杨高达3米。5、功效不同：小叶黄杨具有祛风湿等症状，大叶黄杨具有调经止痛的功效。
一、科属不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨为植物界[植物界（plant kingdom）为生物的一界。]、被子植物[被子植物(Angiosperm)是植物界最高级的一类，是地球上最完善、出现得最晚的植物，自新生代以来，它们在地球上占着绝对优势。]门、双子叶[双子叶植物纲，又称木兰纲。]植物纲、原始花被亚纲、无患子目、黄杨亚目、黄杨科、黄杨属常绿灌木或小乔木。
2、大叶黄杨
大叶黄杨为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、无患子目、卫矛亚目、卫矛科、卫矛亚科、卫矛族、卫矛属灌木。
二、别称不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨别称瓜子黄杨，主要产地为中国安徽、浙江、江西和湖北。
2、大叶黄杨
大叶黄杨别称长叶黄杨、冬青卫矛、正木、扶芳树、四季青[四季青是属于冬青科的植物。]、七里香、日本卫矛等，中国南北各省区都有栽培。
三、习性不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨性喜肥沃湿润土壤，忌酸性土壤，抗逆性强，耐水肥，抗污染，能吸收空气中二**硫等有毒气体，有耐寒、耐盐碱、抗病虫害等特性。
2、大叶黄杨
大叶黄杨喜光耐阴，要求温暖湿润的气候和肥沃的土壤，酸性土、中性土或微碱性土[碱性土（alkaline soil）指土壤酸碱度(pH值)大于7的土壤；亦即土壤溶液中的氢氧离子浓度大于氢离子浓度，实用上则指pH值在7.3以上的土壤。]均适应，萌发性强，适应性强，耐寒，耐干旱瘠薄，耐修剪整形。
四、形态不同
1、小叶黄杨
（1）小叶黄杨为灌木，高2米，茎枝四棱，光滑，密集，小枝节间长3-5毫米，叶小，对生，革质，椭圆形[椭圆形是由圆形变成的长圆形，比圆形扁。]或倒卵形，长1-2厘米，先端圆钝，有时微凹，基部楔形。
（2）最宽处在中部或中部以上，有短柄，表面暗绿色，背面黄绿，表面有柔毛，背面无毛，二面均光亮，花多在枝顶簇生，花淡黄绿色，没有花瓣，有香气。
2、大叶黄杨
（1）大叶黄杨为灌木，高达3米，小枝四棱，具细微皱突，叶革质，有光泽，倒卵形或椭圆形，聚伞花序5-12花，花序梗长2-5厘米，2-3次分枝。
（2）蒴果近球状，直径约8毫米，淡红色，种子每室1，顶生，椭圆状，长约6毫米，直径约4毫米，假种皮桔红色，全包种子，花期6-7月，果熟期9-10月。
五、功效不同
1、小叶黄杨
（1）小叶黄杨的药用部位为根、枝、叶，味苦，性平。
（2）具有祛风湿、理气止痛[ …]、清热解毒的功效，用于风湿痹痛、牙痛、胸腹气胀、疝痛、跌打损伤[跌打损伤包括刀*、跌仆、殴打、闪挫、刺伤、擦伤、运动损伤等，伤处多有疼痛、肿胀、出血或骨折、脱臼等，也包括一些内脏损伤。]、热疖等症。
2、大叶黄杨
（1）大叶黄杨的药用部位为根，味苦、辛，性温。
（2）具有调经止痛的功效，用于月经不调、痛经、跌打损伤、骨折、小便淋痛等症。