根据种植方式，上海芹菜有直播芹菜和移栽[【词目】移栽【拼音】yí zāi ㄧˊ ㄗㄞ【解释】移植。]芹菜两种，两者除草方式略有不同。
一般直播芹菜相对移栽芹菜耐药性较强，可适用的除草剂[除草剂（herbicide）是指可使杂草彻底地或选择地发生枯死的药剂，又称除莠剂， 用以消灭或抑制植物生长的一类物质。]品种较多，安全系数也相对较高。目前可供选用的药剂有33%施田补[商品名称/施田补通用名称/二甲戊灵（pendimethalin）加工剂型/33%乳油…]（除草通）乳油[乳油是农药制剂的一种，它是将较高浓度的有效成分溶解在溶剂中，加乳化剂而成的液体。]、48%敌草胺[敌草胺为酰胺类除草剂。]乳油、25%恶草灵[恶草灵为杂环类选择性触杀型除草剂。]乳油。具体使用方法如下：
1.施田补：用33%施田补乳油100-150毫升/亩，加水40-50千克/亩，在芹菜播后苗前均匀喷雾[喷雾就是人工造雾。]在土壤表面。如果是砂质土壤应选用低剂量，并在盖帘或遮网前用药；
2.敌草胺：用48%敌草胺乳油100-150毫升/亩，加水40-50千克/亩，在芹菜播后苗前均匀喷雾在土壤表面。所不同的是，该药剂见光易分解，喷雾后应在土壤表层浅混土覆盖。
移栽芹菜可供选择的除草剂品种及用水量[用水量是指用水户所使用的水量，通常是由供水单位提供，也可以是由用水户直接从江河、湖泊、水库（塘）或**取水获得。]与直播芹菜的相同，但亩用药量不得高于125毫克，另外使用时间应掌握在整地后移栽前1-3天。砂质土壤用药量应适当减少。
用药后的芹菜田，若仍有禾本科[禾本科（学名：Poaceae），分为620多属，10000多种。]杂草发生，则不管是直播芹菜还是移栽芹菜，均可在杂草2-4叶期，选用防除禾本科杂草的专用除草剂12.5%盖草能[盖草能是一种除草剂。]或75%禾草克等进行叶面喷雾，使用剂量均为50-75毫升/亩，加水40-50千克/亩。