大叶紫檀和小叶紫檀的学科属性、颜色、纹理都有不同，大叶紫檀属于红木国标中的黑酸枝木[酸枝木为豆科植物中蝶形花亚科黄檀属植物，因其木材剖开后有一种较刺鼻的酸味而得名。]类，小叶紫檀属红木国标的紫檀木[紫檀别名“青龙木”，属蝶形花科，亚热带常绿乔木，高五六丈，叶为复叶花蝶形，果实有翼，木质甚坚，色赤，紫檀木入水即沉。]类。大叶紫檀新切面的颜色为桔红色，久后变深紫，带黑色条纹，小叶紫檀的新切面通常为橘黄色，日久为深红深紫色[深紫色是一首由于逸尧作词，蔡德才作曲，杨千嬅演唱的粤语歌曲，所属专辑《Miriam》。]。
大叶紫檀和小叶紫檀的学科属性不同，大叶紫檀学名卢氏黑黄檀，属于红木国标中的黑酸枝木类，小叶紫檀学名檀香紫檀，属红木国标的紫檀木类。大叶紫檀的全称是卢氏黑黄檀，产于非洲马达加斯加。而小叶紫檀又名檀香紫檀，是产于印度的。看这两句就知道大叶紫檀和小叶紫檀不是一个种类。
大叶紫檀，刚开出来为桔红色，放置时间长**了会变深紫，这一点和小叶紫檀差不多，但是大叶紫檀的纹理是带有黑色条纹的，而小叶紫檀的纹理就显得自然融入了。
鉴别小叶紫檀的方法，最简单的就是闻气味了，小叶紫檀的气味是淡淡的檀香味，而大叶紫檀的气味是那种酸酸的香气（所以称酸枝）。
除了这一点外，两者的纹理也有区别，大叶紫檀的纹理质感是比较粗糙的，并且切面的纹理也是又黑又宽很有规则感，是那种比较直，比较粗，而小叶紫檀的质感是很细腻的。