西红柿主要的病害有:病毒[病毒是颗粒很小、以纳米为测量单位、结构简单、寄生性严格，以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。]病，茎基腐病、灰霉病[灰霉病是露地、保护地作物常见且比较难防治的一种真菌性病害，属低温高湿型病害，病原菌生长温度为20～30℃，温度20～25℃、湿度持续90%以上时为病害高发期。]、叶霉病等，以及由于强光照引起的果实[果实（英文名称fruit）是被子植物的雌蕊经过传粉受精，由子房或花的其他部分（如花托、花萼等）参与发育而成的器官。]灼伤、高温障碍导致的芽枯病、干叶边、果实射裂等。除搞好栽培管理外，药剂防治[防治是一个汉语词汇，拼音为fáng zhì，译为预防和治疗或预防和治理。]可采取以下办法。
1.1、病毒病
主要以花叶症状和条斑症状为主，花叶病毒病:叶片[叶片是叶的主体部分，通常为一很薄的扁平体，有利于光穿透叶的组织以及最大面积的吸收光、二**碳进行光合作用。]皱缩、黄绿相间:厥叶病毒病，叶片细长、叶脉变形、线状;卷叶病毒病:叶片扭曲，向内弯曲，条斑型病毒病:果实表面出现青皮，逐渐形成铁锈色，不着红、用刀剖开果实，有褐色条纹，高温干旱，养分不足，土壤板结等有利病毒病的发生。
防治方法:每亩用艾美乐70%水分散粒剂3-4克对水30-45公斤喷雾，防治蚜虫等刺吸式口器害虫，以便切断昆虫传播病毒的途径，达到防治病毒病的目的，也可在感染病毒病后，喷施植病灵1000倍液或病毒清，以减轻毒害的危害程度。
1.2 、茎基腐病
幼苗发病喷75%百菌清可湿性粉剂[粉剂(Dustpowder,DP)是将原药、大量的填料(载体) 及适当的稳定剂一起混合粉碎所得到的一种干剂。]600倍液。定植后全成株期发病，喷75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或36%甲基硫菌灵[结晶固体，熔点195℃（同时分解）。]悬浮剂500倍液，喷林艺基部。
1.3灰霉病
灰霉病病菌主要针对西红柿的花和果实。灰霉病会导致叶片引起 v字形病斑，由叶片底部向叶内形成不规则病斑 ；叶片中部形成圆形轮纹斑 ；危害叶柄使其折断 ；引起茎部及茎基部腐烂，造成植株萎蔫，果面上形成 “花 脸斑”，造成花、果实腐烂。 低温、高湿是其发病的必要条件，对于疾病发生的偏好温度是 l8℃ 一24 。相对湿度超过90％。
防治方法 ：多菌灵或甲基托布津的可湿性粉剂与干细土混合后进行床土消毒 ；加强田间管理[田间管理( tiánjiān guǎnlǐ)是指大田生产中，作物从播种到收获的整个栽培过程所进行的各种管理措施的总称。]，及时清除田园病叶和病果，对工具进行消毒，避免人为传播 ；合理施肥，施用腐熟有机肥 ；加强通风管理 ；发病初期可使用 0．1％蘸花药液加入速克灵[速克灵，通用名称 腐霉利英文通用名(procymidone)，本剂是日本住友化学株式会社发明的二甲酰亚胺类杀菌剂，对多种作物如：油菜、黄瓜、葡萄、番茄等灰霉、菌核病有效。]进行防治。常用防治剂有百菌清、速克灵的可湿性粉剂稀释液[简介稀释液顾名思义就是我们所需的纯溶液加水（或其他溶剂）而降低浓度后得到的溶液，注意：是混合物！！！在日常的实际实验操作中，我们往往不需要纯溶液进行实验，因此采用加水稀释的方式来得到浓度较低的溶液，从而更好的实验。]等。棚内可进行喷雾(50％速克灵可湿性粉剂稀释液 )、烟熏(5％的百菌清烟雾剂或3％ 噻菌灵烟雾剂 )4—6天进行综合防治。
1.4、叶霉病
叶霉病是世界上普遍存在的番茄病害，俗称 “黑毛病”，其可造成西红柿减产20％一30％，因此必须加以防治。发病后植物的果实、叶片和叶柄均可受害，其中以叶片为主，初期叶片背面有白色霉斑，呈近圆形或不规则形状，随后病斑逐渐扩大，叶片褪绿变黄，严重时，可使全叶枯黄 、卷曲，在湿度较大时叶片正反面均可长霉斑 。 叶霉病菌主要是以菌丝体在病残体上越冬，来年侵染。湿度是番茄发病的重要条件，在一定的温度条件下，湿度越大越易发病。
防治方法 ；加强田间管理，及时清理田园，合理密植，合理施肥，增施磷钾肥，提高植株抗病力，注意通风时间和次数降低湿度。可用 70％的甲基硫菌灵 800～1000倍液进行药剂防治。